Pyhän Nikolaoksen kappeli on toiminut ortodoksisena kirkkohuoneena vuodesta 1950, jolloin kreikkalainen seurakunta vuokrasi tilan toiminnalleen Maria Magdalenan seurakunnalta. Tänään kirkkotila toimii Ruotsin suomalaisen ortodoksisen seurakunnan pyhäkkönä.
Rakennus on 1700-luvun puolivälissä rakennettu suuremman Maria Magdalenan kirkon varastoksi. Julkisivua lukuunottamatta muutettiin tila hautakappeliksi vuonna 1929 arkkitehti Lars Israelin Wahlmanin (1870-1952) piirustusten mukaan. Wahlman, joka sai runsaasti vaikutteita Art Nouveau- ja Art Déco-tyyleistä on myös suunnitellut Engelbrektin kirkon Tukholmassa, Ansgarin kappelin Björkön Birkassa, Djursholmin hautakappelin ja Nynäshamnin kirkon.
Alttarihuoneen kalkkimaalauksen, joka kuvaa Kristuksen ylösnousemusta, maalasi 1929-30 taiteilija Gunnar Torhamn (1894-1965). Tuona aikana tila toimi hautakappelina nimellä Ylösnousemuskappeli.
Vuosina 2006-2009 toteutti Ruotsin suomalainen ortodoksinen seurakunta kirkkotilan laajan peruskorjauksen, jonka tavoitteena oli palauttaa kulttuurisuojatun pyhäkön alkuperäiseen muotoon ja kuntoon, ja muuntaa se toimivaksi ortodokseksi kirkkotilaksi alkuperäistä arkkitehtuuria kunnioittaen.
Kirkon uuden ikonostaasin suunnitteli tukholmalainen arkkitehti Jacob Hidemark, ja sen ikonit on maalannut Marja Liisa Alm Gotlannista.