Kristendomens ursprung finner man i judendomen och i Kristi offentliga verksamhet i ett hellenistisk-romerskt kulturområde. Under 300-talet konsoliderades den till en allmännelig och apostolisk kyrka, då kristendomen blev den officiella statliga religionen i det romerska riket. Mellan åren 325 och 787 definierade kyrkan under sju ekumeniska koncilier de grundläggande trossatser som än idag utgör grunden för den kristna kyrkans bekännelse i både öst och väst.
Den västliga kristna kyrkan utvecklades tidigt mot en egen inriktning. Också lokala kyrkor utvecklades i olika riktningar och efter 800-talet lyckades man inte längre samla hela kyrkan i ekumeniska koncilier. Till slut hade skillnaderna blivit permanenta och under 1200-talet var separationen mellan öst och väst ett faktum. I väst bildades en romersk-katolsk kyrka och i öst den ortodoxa.
Den ortodoxa kyrkan samlade fyra av den dåtida kyrkans fem patriarkat: Konstantinopel, Alexandria, Antiokien och Jerusalem. Dessa fortsatte att samexistera enligt den lokalkyrkoprincip som varit gällande: var och en av lokalkyrkorna skulle betraktas som självständiga kyrkor vilka skulle leva sida vid sida i ekumenik med varandra. Den romersk-katolska kyrkan utgjordes av endast Roms patriarkat och med tiden utvecklades där en lära om global jurisdiktion. Denna lära har senare influerat särskilt missionsarbetet i de protestantiska kyrkor, vilka knoppade av den romersk-katolska kyrkan med början från 1500-talets Västeuropa.
De klassiska patriarkaten har sedermera kompletterats med patriarkala stolar i Ryssland, Serbien, Rumänien och Bulgarien och ett antal andra autokefala, självständiga, ortodoxa kyrkor har etablerats vid sidan av dessa.
I Sverige har den ortodoxa kyrkan varit etablerad sedan 1617 då freden i Stolbova gav ryska handelsmän tillåtelse att utöva sin religion i landet och då Kristi Förklarings ryskortodoxa kyrka grundades. Den finska ortodoxa församlingen har varit verksam i landet sedan 1950-talet.