Helige Nikolai kyrka har varit ett ortodoxt tempel sedan 1950-talet, då den grekiska ortodoxa församlingen hyrde lokalerna av Maria Magdalena kyrka. Idag inrymmer byggnaden Stockholms finska ortodoxa kyrka.
Byggnaden blev ursprungligen uppförd i mitten av 1700-talet som ett materialhus till Maria Magdalena kyrka. Förutom fasaden byggdes huset om till begravnings-kapell 1929 enligt ritningar av arkitekten Lars Israel Wahlman (1870-1952). Wahlman, som var starkt influerad av jugend och konsthantverk, har även ritat byggnader som Engelbrektskyrkan i Stockholm, Ansgarskapellet i Birka på Björkö, Djursholms begravningskapell och Nynäshamns kyrka.
Altarrummets kalkmålning som föreställer Kristi uppståndelse utfördes 1929-30 av konstnären Gunnar Torhamn (1894-1965), och under tiden kyrkorummet tjänstgjorde som begravningskapell bar det namnet Uppståndelsekapellet.
Under åren 2006-2009 genomförde den finska ortodoxa församlingen en omfattande renovering av kyrkan med det övergripande målet att återställa den kulturmärkta byggnadens interiör till sitt forna skick och omvandla den till ett fungerande ortodoxt tempel med bibehållen respekt för originalarkitekturen.
Kyrkans nya ikonostas är ritad av Stockholmsarkitekten Jacob Hidemark. Dess ikoner är målade av Marja Liisa Alm från Gotland.